Οι περιπτώσεις όπου ο μητρικός θηλασμός θα πρέπει να αποφεύγεται είναι εξαιρετικά σπάνιες. Μία μητέρα δεν μπορεί να θηλάσει αν έχει κάποια σοβαρή ασθένεια στα νεφρά ή την καρδιά ή αν πάσχει από AIDS.
Σύμφωνα με την Αμερικάνικη Εταιρεία Παιδιατρικής οι απόλυτες αντενδείξεις για το μητρικό θηλασμό είναι οι ακόλουθες:
• Bρέφη με ομόζυγο γαλακτοζαιμία (σπάνιο μεταβολικό νόσημα). • Μητέρες που λαμβάνουν: ραδιενεργά ισότοπα για θεραπευτικούς ή διαγνωστικούς λόγους, χημειοθεραπευτικές ουσίες και κυτταροστατικά, ναρκωτικές ουσίες.